Программы построения выравниваний

3 файла с аминокислотными последовательностями в FASTA формате:

myprot.fasta - аминокислотная последовательность белка Alkh_Ecoli
secondprot.fasta - последовательность гомолога белка Alkh_Ecoli, принадлежащего организму Vibrio cholerae.
thirdprot.fasta - последовательность, образованная -ми и -ми аминокислотными остатками белка Alkh_Ecoli.

Выравнивание последовательностей возможных гомологов.

Глобальное выравнивание последовательностей из файлов secondprot.fasta и secondprot.fasta с помощью алгоритма Нидельмана-Вунша находится в файле1to2.needle.
Локальное выравнивание тех же последовательностей с помощью алгоритма Смита-Ватермана находится в файле 1to2.water.

Сходства, полученные при сравнении двух выравниваний:

файлы имеют одинаковую общую структуру, что облегчает сравнение;
оба выравнивания делались и использованием алгоритма EBLOSUM62;
оба выравнивания делались с использованием одинаковых параметров штрафа за гэп:
- штраф за открытие гэпа: 10
- штраф за проболжение гэпа: 0,5

Выравнивание последовательностей, содержащих общие участки.

Глобальное выравнивание последовательностей из файлов myprot.fasta и thirdprot.fasta содержится в файле 1to3.needle;
Локальное выравнивание тех же последовательностей с использованием алгоритма Смита-Ватермана находится в файле 1to3.water;
3 локальных выравнивания с наибольшим весом, сделанные с помощью программы matcher, находятся в файле 1to3.matcher.